Het keurmerk Milieukeur wordt beheerd door SMK. Voor financiering van de werkzaamheden worden afdrachten in rekening gebracht aan keurmerkhouders. Het gaat dan bijvoorbeeld om de ontwikkeling en het beheer van de certificatieschema's, voorlichting en onderzoek. SMK is een onafhankelijke stichting zonder winstoogmerk.
De tarieven bestaan uit eenmalige aanmeldingskosten voor nieuwe bedrijven onder certificatie en uit jaarlijkse afdrachten. Zowel de aanmeldingskosten als de jaarlijkse afdrachten worden door SMK bij de certificaathouder in rekening gebracht.
Deze tarieven zijn exclusief de kosten die de certificatie instellingen aan keurmerkhouders berekenen voor audit en certificering.